En écologie, un milieu c'est un endroit de vie accueillant des plantes et des animaux. Dans la réserve de biosphère transfrontalière, il y a plusieurs milieux remarquables qu'on se doit de protéger.

Les tourbières sont des milieux marécageux où la matière végétale mal décomposée s'accumule formant un sol que l'on appelle la tourbe. Dans la réserve de biosphère transfrontalière, les principaux végétaux constituant la tourbe sont des mousses particulières, les sphaignes. L'épaisseur de tourbe atteint par endroit 1,50 m. Les conditions de vie y sont très difficiles pour les plantes et les animaux. Le sol est gorgé d'eau et est très acide (autant que du vinaigre). La droséra est une petite plante carnivore, qui s'est bien adaptée pour y vivre. On protège les tourbières car c'est un milieu très particulier que l'homme a beaucoup dégradé.

Les vergers traditionnels à haute tige sont des milieux d'une incroyable richesse et d'une très grande biodiversité. Composés de vieux arbres, ils abritent notamment beaucoup d'insectes, de petits rongeurs. On y trouve aussi des oiseaux dits cavernicoles car ils nichent dans les creux et les trous des vieux arbres. C'est aussi un réservoir de variétés de fruits que l'on oublie progressivement. L'utilité des vergers traditionnels est remise en cause, car leur entretien demande beaucoup de travail. Pour ces raisons, le verger traditionnel est menacé de disparition et avec lui l'ensemble des espèces animales et végétales qui l'accompagnent.

Chouette chevêche cachée dans un tas de rondins de bois. © SYCOPARC