Le zonage est un outil qui permet d'adapter le fonctionnement des réserves aux contextes réglementaires des différents pays.

Principe du zonage dans les réserves de biosphère, © UNESCO

Ainsi, chaque réserve de biosphère présente trois types de zones interdépendantes.
Une aire centrale bénéficiant d'un statut légal (dans la loi nationale), assure à long terme la protection des paysages, des écosystèmes et des espèces qu'elle comporte. Celle-ci peut être subdivisée en plusieurs unités. Suffisamment vaste pour assurer la conservation de ces éléments, certaines peuvent être des réserves intégrales où les écosystèmes évoluent sans action de l'Homme. Les autres ne connaissent qu'une activité humaine réduite : recherche, éducation, ou encore certaines pratiques traditionnelles qui concourent à la conservation de la biodiversité comme le pâturage.

Une zone tampon entourant ou jouxtant l'aire centrale, renforce sa fonction de protection. Les activités dans cette zone sont peu perturbatrices. Il peut s'agir de recherches visant à mettre au point des pratiques d'utilisation des ressources naturelles respectueuses de la biodiversité, ou portant sur la gestion ou la réhabilitation des écosystèmes.

L'aire de transition (ou de coopération) comprend les activités humaines, villes et villages. C'est le siège des activités économiques et sociales, qui doivent s'orienter vers un développement durable, au bénéfice de la population locale.